Отметим, что сфера его научных интересов – открытая макроэкономика, денежно-кредитная политика, финансовая глобализация, региональная экономическая интеграция. Михаил Головнин является автором более 160 научных работ, главным образом посвященных мировой валютно-финансовой системе, внешним шокам для экономики России, денежно-кредитной политике России и стран Центральной и Восточной Европы в условиях финансовой глобализации, валютной и финансовой интеграции на постсоветском пространстве. 

 

Победитель конкурса на соискание грантов Президента Российской Федерации для государственной поддержки молодых российских ученых-кандидатов наук и их научных руководителей (2006-2007 гг.), лауреат конкурса "Лучшие экономисты РАН" в 2004-2005 гг. и 2008 г. Лауреат Общероссийской высшей общественной экономической премии "Экономист года" в 2017 г. в составе авторского коллектива программы среднесрочного социально-экономического развития России до 2025 года "Стратегия роста".